Zahájení hlavní fáze rekonstrukce předcházelo odstranění části kolejí a také původní lávky přes stanici. Nyní dojde ke kompletní přestavbě kolejiště, obnově tří stávajících nástupišť a vybudování jednoho nového. To budou využívat zejména vlaky ve směru na Prahu-Zličín a Hostivici.

Rekonstrukcí projdou také oba stávající podchody, navíc se prodlouží pod celým kolejištěm až do budoucího parkovacího domu, jehož investorem je hlavní město Praha. Samozřejmostí bude bezbariérový přístup na všechna nástupiště, který zajistí výtahy. Most přes Nádražní ulici bude po dokončení prací tříkolejný, aby svou kapacitou odpovídal navazujícímu, v budoucnu rovněž tříkolejnému železničnímu mostu na Výtoni.

Součástí prací bude také vybudování nové lávky do Radlické ulice, která umožní přístup nejen na jednotlivá nástupiště, ale současně propojí stanici s novou čtvrtí vzniklou v rámci projektu Smíchov City.

Další bezprostředně navazující stavbou bude výstavba moderního terminálu Smíchov, jehož zhotovitele už hledá pražský magistrát.

Realizace stavby Rekonstrukce žst. Praha-Smíchov je schválena ke spolufinancování Evropskou unií z Nástroje pro propojení Evropy (CEF).