Na vybraném vzorku kontrola také ukázala, že nemocnice většinu léků a zdravotnických prostředků pořizují mimo zadávací řízení. Na tuto praxi přitom poukázala již kontrolní akce NKÚ č. 17/19.

Kontrolované FN ve svém hospodaření opakovaně vykazovaly kumulovanou ztrátu, již nebyly schopny uhradit zlepšeným hospodářským výsledkem. Tuto jejich nepříznivou finanční situaci řešilo MZd v roce 2020 na základě usnesení vlády jednorázovým příspěvkem na oddlužení, který u jmenovaných nemocnic činil celkem 3,4 mld. Kč. NKÚ zjistil, že z prostředků na oddlužení použila FNB 9,3 mil. Kč a FNUSA dokonce 646,2 mil. Kč v rozporu se stanovenými podmínkami - např. na úhradu závazků před splatností. FNB a FNUSA neplnily určené úkoly nejhospodárnějším způsobem, protože financováním dluhů jim v letech 2016 až 2022 vznikly vícenáklady na úroky či poplatky v celkové výši 105,6 mil. Kč. (67,1 mil. Kč u FNB a 38,5 mil. Kč u FNUSA). FNB navíc neuspořila 21,3 mil. Kč, protože uhradila dlouhodobé závazky před splatností i se souvisejícími úroky v plné výši. Podle názoru NKÚ bylo oddlužení FN v roce 2020 nesystémovým opatřením, protože řešilo pouze následky, nikoliv příčinu zadlužování.

Další mimořádné příspěvky ve výši 1,4 mld. Kč poskytlo MZd ze státního rozpočtu kontrolovaným FN na odměny pracovníkům vystaveným riziku onemocnění covid-19 a na záložní polní nemocnici v Praze - Letňanech. Ta byla zřízena na základě usnesení vlády v souvislosti s prevencí šíření onemocnění covid-19. Zřízení a provoz polní nemocnice ministerstvo následně refundovalo FNB částkou 88,2 mil. Kč, aniž by provedlo řádnou finanční kontrolu. Ačkoliv šlo o provozní neinvestiční příspěvek, kontrola NKÚ ukázala, že MZd zaplatilo i investiční náklady ve výši 1,4 mil. Kč. MZd dalšími 1,5 mil. Kč refundovalo nákup majetku (např. notebooků), který FNB nevyužívala ke zřízení a provozu polní nemocnice.

NKÚ prověřil rovněž nákupy léků a zdravotnických prostředků. Ukázalo se, že kontrolované FN pořizovaly většinu léků a zdravotnických prostředků mimo zadávací řízení, např. na základě přímých objednávek. Na kontrolním vzorku 15 druhů shodných centrových léků a 15 druhů léčiv ze skupiny ATC - J (antiinfektiva) v celkové hodnotě téměř 123 mil. Kč kontroloři zjistili, že tato léčiva pořizovaly fakultní nemocnice na základě zadávacího řízení jen v rozmezí od necelého půl procenta do 49 %. Zbytek nákupů, v některých případech tedy více než 99 %, se odehrával mimo zadávací řízení. A to přesto, že FN jsou coby veřejní zadavatelé povinny postupovat podle zákona o zadávání veřejných zakázek.

U vzorku centrových léků využila FNB zadávací řízení v 49 %, FNUSA v 31 % a FNKV jen v necelých dvou procentech (1,7 %). U vzorku antiinfektiv využila FNUSA zadávací řízení u 36,5 % případů, FNB u necelých 24 % a FNKV pouze u necelého půl procenta nákupů (0,4 %). Ačkoli mezi nimi byly i nákupy, kdy existoval jediný výrobce či distributor, a kde tedy zaniká konkurenční prostředí a možnost nákupu za výhodnějších podmínek, je podíl přímých a nahodilých nákupů značný a NKÚ zde spatřuje prostor pro snižování nákladů. Obdobná praxe se prokázala i na kontrolním vzorku nákupů zdravotnických prostředků či spotřebního zdravotnického materiálu. U nich se podíl dodávek pořízených mimo zadávací řízení pohyboval v rozmezí od 78 % do 100 %. NKÚ na kontrolním vzorku léčiv a zdravotnických prostředků zjistil, že kontrolované FN při jejich pořízení postupovaly v rozporu se zákonem o zadávání veřejných zakázek v celkovém objemu 41,6 mil. Kč.

Na podobnou praxi fakultních nemocnic poukázala již kontrolní akce NKÚ č. 17/19 ukončená v roce 2018. Ačkoliv MZd tehdy přijalo řadu opatření, nezajistilo jejich splnění. Ani v kontrolovaném období 2019 až 2021 nemělo např. relevantní informace o jednotkových cenách nakupovaných léčiv či zdravotnického materiálu svých přímo řízených nemocnic, takže je nemohlo řídit tak, aby jejich výdaje byly co nejhospodárnější, nejefektivnější a nejúčelnější.