K tomu, aby lidé více využívali veřejnou dopravu a dávali jí přednost před osobními vozidly, slouží i podpora z "Integrovaného regionálního operačního programu". V jeho rámci si dala ČR cíl, aby veřejná doprava tvořila 35 % z celé osobní dopravy. Tento cíl se ale ukazuje jako příliš ambiciózní, dlouhodobě se totiž její podíl pohybuje kolem 30 %.

Zájem o veřejnou dopravu je závislý mimo jiné i na četnosti spojů, jak ukázalo šetření Eurobarometru z roku 2014. Z kontroly NKÚ ale vyplynulo, že pouze 21 % vozidel pořídili příjemci, kterými jsou regionální dopravci, k rozšíření vozového parku a tím i k vyššímu počtu spojů. Většina použila prostředky k výměně starých vozů za nové. Aby se situace v jednotlivých městech a regionech výrazně změnila, bylo by potřeba zaměřit podporu naopak na strategické projekty, které jsou provázány s dalšími opatřeními.

Jedním z ukazatelů toho, jaký měla podpora efekt, byl počet osob přepravených veřejnou dopravou. Jenže příjemci vykazovali naprosto nereálné údaje o tom, o kolik se zvýšil počet přepravených osob díky projektu. MMR totiž nenastavilo žádný mechanismus, který by data ověřil a zabránil chybám. Jeden příjemce tak například vykázal počet osob za celou síť MHD, která tvořila 323 km, i když trolejbusy, které za dotaci koupil, jezdily jen na jedné trase dlouhé 7,5 km. Jiný příjemce použil dotaci na nákup tramvají, ale do počtu přepravených osob počítal i ty, které jezdily autobusy.

Podpora měla přispět i k tomu, aby byla veřejná doprava více ekologická. Některé elektrobusy, které příjemci za dotace koupili, ale měly nezávislé naftové topení. Kvůli tomu spotřebovaly za 6 až 9 měsíců téměř 30 tisíc litrů nafty. S takto vyprodukovanými emisemi se ovšem při hodnocení projektů nepočítalo. Do výběrových řízení na dodavatele ekologičtějších vozidel se v 67 % případů přihlásil jen jeden zájemce. Soutěž tak probíhala v omezené míře. Nejčastěji šlo o dodávky elektrobusů, trolejbusů a tramvají.

MMR také příjemcům, kteří dostali podporu na nákup nových ekologických vozidel, jednoznačně nezakázalo, aby se ta stará, méně ekologická dál využívala pro přepravu cestujících. Jeden příjemce tak například prodal stará vozidla linkovému dopravci.

NKÚ zjistil nedostatky také v hodnocení a kontrole projektů, a to jak u ministerstva a Centra pro regionální rozvoj, tak u některých měst, která se podílela na hodnocení určitého typu žádostí o dotaci. Přidělování dotací, o kterých spolurozhodují statutární města, je navíc složité i kvůli chybám v informačním systému "MS2014+". Ten MMR používá pro monitorování evropských prostředků.