V rámci samostatné první etapy proběhne rekonstrukce velkých historických sálů v severní části Fantovy budovy a jejich zázemí. Reprezentativním prostorám se v co největší míře vrátí původní historická podoba. Stavební práce budou probíhat v přízemí a také v 1. podzemním podlaží a mezaninu. Fantova budova díky nim získá nové propojení s úrovní podchodů, a to formou eskalátorů umístěných v levé části severního podchodu. S dokončením této etapy se počítá v první polovině příštího roku.

V následné druhé etapě se do roku 2023 zrekonstruují zbylé prostory budovy s výjimkou bývalé Fantovy kavárny v centrální části objektu, která již v nedávné době renovací prošla. Bezbariérový přístup do jednotlivých podlaží zajistí výtahy. Vznikne i další propojení s novou odbavovací halou hlavního nádraží.

Fantova budova tvoří spolu s přilehlou halou nad nástupišti největší secesní památku v Česku. Všechny úpravy jsou proto připravovány tak, aby respektovaly požadavky státní památkové péče. S ohledem na technické a statické možnosti dojde k odstranění některých nepůvodních konstrukcí.

Rekonstrukce přinese celkové oživení a zajištění maximální využitelnosti Fantovy budovy. Cestující v ní po dokončení najdou kavárnu, restauraci, čekárnu či dětský koutek. Nyní nepřístupné prostory v přízemí se otevřou veřejnosti. Sloupový sál poslouží jako VIP čekárna, z velkého sálu se stane multifunkční prostor pro pořádání kulturních a společenských akcí. V rekonstruovaných prostorách vznikne také nové hygienické zázemí pro návštěvníky kulturních sálů, které budou přístupné i z úrovně prvního nástupiště.

V současné době využívají Fantovu budovu Drážní úřad, České dráhy, Správa železnic a Policie ČR. Tyto složky zde budou sídlit i po rekonstrukci.