Stavební zákon umožňuje uskutečnit některé stavební záměry na základě souhlasu, bez nutnosti správního rozhodnutí. Má jít o nekonfliktní záměry jen s malými možnými negativními důsledky pro území, nebo o záměry, které nevadí sousedům. Stavebníkům se zjednoduší a zrychlí příprava stavby a stavební úřady to méně zatěžuje, protože nemusí vést správní řízení. Problém ale nastává ve chvíli, kdy se objeví důvodné pochybnosti o tom, zda byl souhlas vydán v souladu se zákonem.

Podle stavebního zákona je sice možné podat nadřízenému úřadu (krajský úřad nebo magistrát) podnět k zahájení tzv. přezkumného řízení, na jehož konci může být zrušení souhlasu stavebního úřadu, ale lhůty jsou relativně krátké. Řízení o přezkoumání zákonnosti souhlasů lze zahájit ve lhůtě 1 roku a rozhodnout do 15 měsíců ode dne, kdy souhlas nabyl právních účinků. Obě lhůty jsou zákonné a nelze je prodloužit. Jakmile uplynou, vydaný souhlas, i kdyby byl nezákonný, už nelze tímto způsobem zrušit.

Mezi vydáním souhlasu a zahájením stavebních prací může uplynout více než rok, takže když se například sousedé o vydaném souhlasu dozvědí, lhůta pro zahájení přezkumu už uplynula. Z praxe ombudsmana to lze ilustrovat na případu, kdy stavební úřad vydal souhlas se změnou užívání stavby rodinného domu na objekt občerstvení bez vědomí sousedů. Sousedé se proti vydanému souhlasu začali bránit, ale až v okamžiku, kdy stavebník začal občerstvení provozovat. I když byla řada jejich námitek oprávněná, souhlas stavebního úřadu už nebylo možné zrušit z důvodu uplynutí lhůt pro jeho přezkum. Stejně tak nebylo možné účinně zasáhnout ani v jiném případu, kdy stavební úřad vydal souhlas s provedením stavebních úprav nebytového prostoru se vznikem pekárny, neboť i zde uplynuly zákonné lhůty pro možnou revizi souhlasu.

Donedávna nebylo možné napadnout zákonnost vydaného souhlasu stavebního úřadu ani správní žalobou proti rozhodnutí správního orgánu, která by vedla ke zrušení vydaného souhlasu. Možná byla pouze tzv. zásahová žaloba, která ale nezajišťuje efektivní právní ochranu, protože vydaný souhlas nemůže zrušit. Nejvyšší správní soud totiž zastával názor, že souhlas stavebního úřadu je vydáván mimo správní řízení, nesplňuje požadavky formálnosti kladené na správní rozhodnutí, proto jeho zákonnost nelze napadnout správní žalobou proti rozhodnutí správního orgánu.

Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu k 17. 9. 2019 změnil své nahlížení na možnost obrany proti souhlasu stavebního úřadu ve správním soudnictví. Dospěl k závěru, že vzhledem ke krátkým lhůtám pro přezkoumání zákonnosti souhlasu krajskými úřady, nedává stavební zákon dotčeným osobám možnosti efektivní ochrany. Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu proto konstatoval, že souhlasy vydávané stavebním úřadem podle stavebního zákona jsou pro účely přezkumu rozhodnutími správního orgánu a jejich zákonnost lze ve správním soudnictví přezkoumat na základě žaloby proti rozhodnutí správního orgánu. I když tedy uplynula lhůta pro přezkum souhlasu krajským úřadem, lidé mají nově ještě možnost podat do dvou měsíců žalobu proti rozhodnutí správního orgánu. Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu se sice jasně nevyjádřil, kdy tato lhůta začíná běžet, ale lze se domnívat, že ode dne, kdy se dotčená osoba o vydání souhlasu dozvěděla.

Pokud by správní soud zrušil vydaný souhlas jako nezákonný, musel by stavební úřad projednat záležitost např. v režimu odstranění stavby nebo stavebních úprav, zakázat využívání stavby jiným, než původním způsobem apod. Možností podat správní žalobu proti rozhodnutí správního orgánu je podle soudu zajištěno právo na spravedlivý proces, jehož součástí je i právo na "praktickou a efektivní" ochranu.