Modernizace stanice je součástí rekonstrukce 15 km dlouhého úseku do Mstětic, která začala před třemi lety. V samotných Vysočanech se na podzim minulého roku otevřela nová odbavovací hala a první nástupiště s bezbariérovým přístupem.

Do poloviny června budou ve stanici kvůli vkládání nových výhybek střídavě využívána nová a stávající provizorní nástupiště. Současně zde dojde ke zrušení pracoviště výpravčích, provoz budou dálkově řídit dispečeři z pražské Balabenky.

Naplno běží také práce ve stanici Praha-Horní Počernice, která získá nové nástupiště a zrekonstruovanou nádražní budovu. K úplnému dokončení akce s celkovými investičními náklady ve výši 4,5 miliardy korun dojde na začátku příštího roku.

Realizace stavby je spolufinancována Evropskou unií z Nástroje pro propojení Evropy (CEF).